Verhoog het taxonomische niveau

Voor sommige toepassingen kan het nuttig zijn om taxonomische gegevens op een hoger niveau dan het oorspronkelijke niveau te analyseren. Deze functie probeert de taxa op te schalen naar het gewenste taxonomische niveau.

Usage

increase_taxonlevel(
  taxa,
  taxonlevel = c("Species", "Genus", "Familia", "Ordo", "Classis", "Phylum", "Regnum",
    "Imperium"),
  only_twn = FALSE
)

Arguments

taxa

Een vector met taxonnamen.

taxonlevel

Het gewenste taxonomische niveau. De namen van de taxonomische niveau's zijn zoals deze in de TWN-lijst worden gebruikt (Species, Genus, enz.).

only_twn

Logical. Indien FALSE worden taxa die niet in de TWN-lijst voorkomen genegeerd. Indien TRUE dan worden alleen taxa uit de TWN-lijst geretoureerd.

Value

Een vector met taxonnamen.

Details

De functie probeert de taxonnamen op te schalen naar het gespecificeerde taxonomische niveau. Dit is echter om diverse redenen niet altijd mogelijk. Als dat niet mogelijk is dan zijn er meerdere resultaten mogelijk.

• Het taxonomisch niveau van het taxon is al hoger dan het gevraagde niveau -het originele taxon wordt geretourneerd.

• Het taxon komt niet voor in de TWN-lijst

  • het originele taxon wordt geretourneerd (tenzij only_twn = TRUE)

• Het taxon heeft in de TWN-lijst geen parent op het gevraagde niveau

  • het taxon wat het dichtst onder het gevraagde niveau zit wordt geretourneerd.

• De taxonnaam heeft de waarde NA

  • De waarde NA wordt geretourneerd.

Examples

taxa <- c("Bufo calamita", "Bufo", "Buf", NA)

increase_taxonlevel(taxa, "Familia")
#> [1] "Bufonidae" "Bufonidae" "Buf"       NA         
increase_taxonlevel(taxa, "Familia", only_twn = TRUE)
#> [1] "Bufonidae" "Bufonidae" NA          NA